FrameWork版本的有关问题

FrameWork版本的问题？
有两个项目，一个是1.1的，一个是2.0的，部署到一个2003的服务器上了。
1.1的项目加载的是FrameWork1.1。
2.0的项目加载的是FrameWork2.0。
问题是：为什么项目总是一个好用。
比如重启服务器，我先点2.0的项目，这时1.1的就不好用了。反过来也是一样！
IIS需要怎样设置，才能让两个项目同时好用！

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应用程序池分开~