有两个文件A和B ，A中任意一行a最多与B中的一行有对应关系，反之亦然。A和B的行数比较多，大概在100m到300m之间，文件大小大约在2G~4G，文件比较大，所以不能一次将文件载入到内存中。
求教一个时间复杂度比较小的办法，将A和B中有对应关系的各行找出来。
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每行可以理解成一个整数向量，向量的夹角cos=a.b/|a|*|b|
cos越接近于1，代表两个向量越相似。
第一步你可以依次计算文件A每行和这个N维第一维坐标轴（1，0，0，0。。。。）的向量夹角。
保存为数组Arr,这一步需要O(A行数)时间，是线性的扫描。
第二步 对B重复上述操作，保存为哈希Hash，同样是O(B行数)时间数)，是线性的扫描。
Arr和Hash长度和大小，可以进入内存是绝对没问题的。
第二步，遍历数组Arr，去查找Hash中有无相同元素，O(A行数)依旧是线性的。
这样你就找到了可疑的行号，再去比对行是否维数相同，是否完全相同。
总体还是O(N)问题。秒杀
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至于存储小数的哈希怎么实现，我不知道你用什么具体语言实现，如果用.Net根本不需要考虑，直接往Dictionnary<T，T>里灌就可以了。
如果不安装.Net开发环境，用记事本写VBS脚本，调用脚本组件Dictionnary，就可以轻松实现哈希，此外VBS还可以实现包括逐行读文件行在内的全部操作，保存为hta文件运行，就具有全部硬盘读写权限。因为是O(N)复杂度，所以你不太需要担心超时的问题。
哥以前当VBS斑竹来着，VBS还是很方便实用的脚本工具，学会了可以利用记事本在Windows机器下干好/坏事，很酷。