hibernate配置文件里面通过
<sql-insert...
<sql-delete...
<sql-updata>{call procedure(?,?)}</sql-updata>
这些我都知道怎么配置，但是不是很明白，要怎么在java代码里面去调用呢？？？
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hibernate文档中对此有介绍，希望对你有所帮助
我自己没有这样使用过，也不知道为什么这样使用，坐等大牛，学习
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楼主看来基础知识要多看看，你这里问的问题，我也无从下嘴。
觉得楼主现在的阶段应该拿相关的书看看，看书遇到的问题不明白可以在论坛里提问，但这里你问的好像是完全没有看过书的原因。
建议看书。
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hql语言转化成sql语言，中间有转化机制，它提供的jar包里实现。
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这种叫本地SQL，通过session的getNamedQuery（'你那个本地SQL的的name'）,这样就等于运行那段SQL
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Hibernate提供了3的查询方式：HQL方式，QBC方式，本地SQL方式；这里只说HQL方式：前提配置全对
Session session=MySessionFactory.currentSession();//得到连接
Transaction ts=session.beginTransaction();//事务开始
Query query=session.creatQuery("from Javabean");//事务语句
Iterator it=query.lisy().iterator();//转载语句
ts.commit();//提交
MySessionFactory.closeSession();//关闭连接
建议你去看第三方的书，hibernate的帮助文档，英文的，不好看懂，中文的，翻译的蛋碎；你去搜下，网上电子书很多的。