Gromacs中trr文件转换为可读文件方法

因为trr不可读，所以需要转换成坐标文件进行读取。准备好结果文件中的trr和gro文件，然后运行以下代码：

gmx trjconv -f xxx.trr -s xxx.gro -o out.gro

-f和-s中的参数为我们结果文件中的trr和gro文件；-o后面的是输出的可读文件。

导出后的文件可以用记事本读写，如果文件过大，用下面JAVA代码读取：

public class readGromacs {public static void main(String[] args) throws IOException {//parametersint ii = 1; //输入你想要读的行数//parametersString atomFile = "D:\\xiaomu\\mutianweiPaper\\paper0603\\fo\\tes\\1m_nopbc\\SM2nvt2_p.gro";FileReader reader = new FileReader(atomFile);BufferedReader br = new BufferedReader(reader);//PrintWriter out = new PrintWriter(new BufferedWriter(new FileWriter(atomFile)));String str = null;int i=1;while ((str = br.readLine()) != null && i <= 20000) {if(i==ii){System.out.println(str);}i++;}br.close();reader.close();}
}