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在(i)python脚本中从jupyter内核获取输出 到目前为止我得到了什么 背景

热度:42   发布时间:2023-06-13 14:00:12.0

我想在一个ipython会话中打开几个内核,在这些内核上运行代码,然后收集结果。 但我无法弄清楚如何收集结果,甚至看不到stdout / stderr。 我怎么能做这些事情?

到目前为止我得到了什么

我已经管理了前两个步骤(打开内核并在其上运行代码),代码如下:

from jupyter_client import MultiKernelManager
kernelmanager = MultiKernelManager()
remote_id = kernelmanager.start_kernel('python3')
remote_kernel = kernelmanager.get_kernel(remote_id)
remote = remote_kernel.client()
sent_msg_id = remote.execute('2+2')

[我欢迎任何有关如何改进或关闭这些内核和客户端的建议。]

这里, python3可以是我设置的任何内核的名称(可以在命令行中使用jupyter-kernelspec list )。 我似乎能够运行任何合理的代码来代替'2+2' 例如,我可以写入文件,并且该文件确实已创建。

现在,问题是如何获得结果。 我可以得到一些看似相关的消息

reply = remote.get_shell_msg(sent_msg_id)

那个回复是这样的字典:

{'buffers': [],
 'content': {'execution_count': 2,
  'payload': [],
  'status': 'ok',
  'user_expressions': {}},
 'header': {'date': datetime.datetime(2015, 10, 19, 14, 34, 34, 378577),
  'msg_id': '98e216b4-3251-4085-8eb1-bfceedbae3b0',
  'msg_type': 'execute_reply',
  'session': 'ca4d615d-82b7-487f-88ff-7076c2bdd109',
  'username': 'me',
  'version': '5.0'},
 'metadata': {'dependencies_met': True,
  'engine': '868de9dd-054b-4630-99b7-0face61915a6',
  'started': '2015-10-19T14:34:34.265718',
  'status': 'ok'},
 'msg_id': '98e216b4-3251-4085-8eb1-bfceedbae3b0',
 'msg_type': 'execute_reply',
 'parent_header': {'date': datetime.datetime(2015, 10, 19, 14, 34, 34, 264508),
  'msg_id': '2674c61a-c79a-48a6-b88a-1f2e8da68a80',
  'msg_type': 'execute_request',
  'session': '767ae562-38d6-41a3-a9dc-6faf37d83222',
  'username': 'me',
  'version': '5.0'}}

这 。 没有记录的是如何实际使用它 - 即,我使用哪些功能,何时何地找到消息等等。我已经看到了及其答案,其中包含有用的相关信息,但不是我帮我解答了。 而也没有得到任何有用的结果。

所以,例如,我已经尝试使用上面结果中给出的msg_id来获取msg,但它只是挂起。 我已经尝试了我能想到的一切,但无法弄清楚如何从内核中获取任何东西。 我该怎么做? 我可以用某种字符串从内核传回数据吗? 我能看到它的标准和标准吗?

背景

我正在写一个ipython魔术来在远程内核上运行代码片段。 [编辑:这个现在存在并且可以 。]我的想法是,我的笔记本电脑上有一个笔记本电脑,只需要一个像这样的小魔术单元从几个远程服务器收集数据:

%%remote_exec -kernels server1,server2
2+2
! hostname

我使用轻松自动地连接到那些远程内核。 这似乎工作得很好; 我已经得到了我的魔法命令,它的所有铃声和口哨都运行良好,打开这些远程内核,并运行代码。 现在我想从远程发送回我的笔记本电脑的一些数据 - 大概是通过某种方式序列化它。 目前,我认为和对于这部分来说是完美的; 我只需要将这些函数从一个内核创建并使用到另一个内核。 我宁愿不使用实际文件进行酸洗,尽管这可能是可以接受的。

编辑:

看起来像这样的一些怪物是可能的:

remote.get_shell_msg(remote.execute('import pickle'))
sent_msg_id = remote.execute('a=2+2', user_expressions={'output':'pickle.dumps({"a":a})'})
reply = remote.get_shell_msg(sent_msg_id)
output_bytes = reply['content']['user_expressions']['output']['data']['text/plain']
variable_dict = pickle.loads(eval(output_bytes))

而现在, variable_dict['a']只有4 但请注意, output_bytes是表示这些字节的字符串,因此必须进行eval 这看起来很荒谬(并且仍然没有显示我如何得到标准输出)。 有没有更好的办法? 我怎么得到stdout?

编辑2:

虽然我对上面的hack不满意,但我已经成功地使用它来编写一个名为的小模块,托管在github上,如上所述。 该模块给了我一些ipython魔术,我可以用来在一个或多个其他内核上远程运行代码。 这是一个或多或少的自动过程,我绝对满意 - 除了对下面发生的事情的唠叨知识。

你似乎正在重新发明轮子。 您不希望自己管理内核。 使用类似它是产卵多内核和分散/收集数据(基本上你正在改造它的工作原理)。 您可能也会对感兴趣并阅读 。 IPyparallel和dask作者正在共同努力使这两个项目相互配合良好。 不管理内核,而是使用ipyparallel。

在我的问题中,我可能不太清楚,但我的主要用例是在多个远程计算机上运行一些代码(使用大规模并行代码计算数据的集群),这样我就可以在远程存储的大型数据集上运行相当简单的命令,最小配置。 为此, ipyparallel不起作用。 我基本上必须重写代码才能使用它。 相反,我的模块是完美的,允许我简单地添加集群的名称和工作目录,但否则使用完全相同的代码,我将在本地使用。

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