本人作为程序员刚满一年，刚开始做安卓开发，后转做JAVA服务端，时间大概半年左右。
这段时间所做的一个项目是JAVA HTTP的服务端，通过SpringMVC框架来进行HTTP POST请求的分发，纯服务，没有页面展示，为手机端提供数据服务。
这个程序最终通过打包成war然后放到TOMCAT上运行，属于正常的J2EE程序。
现在接下去要做一个有关通讯的JAVA项目，服务端采用MINA框架进行手机与服务器的TCP长连接处理，其中还有基于ICE的转发和推送等内容，等于是一个C/S架构的程序。
请问各位大神，对于这样一个程序，目前阶段的设计是把它做成一个类似WEB项目，放到TOMCAT上来启动，这样会不会有什么问题？我总感觉这不应该是一个C/S程序的运行方式，因为TOMCAT提供的WEB容器是给WEB程序提供运行环境的。
假如这样是不合理的，那么对于JAVA的C/S程序，一般性的做法是如何启动的？发布成JAR包通过MAIN方法来启动？还是有其他更规范的做法？
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以jar包方式运行，main方法启动，不要放到tomcat下。因为mina框架本身就是一种socket框架了，可以直接连接，不需要再次经过tomcat。并且tomcat是按照http协议（短连接）设计的，不适合用来做长连接服务器；再者经过tomcat处理，就相当于多出了tomcat服务器的处理时间，对性能也有一定的影响的。
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我总感觉这不应该是一个C/S程序的运行方式，因为TOMCAT提供的WEB容器是给WEB程序提供运行环境的。
你的感觉有误，现在都这么玩的，比如网上很多开放平台的后台接口都是Rest风格的，这些东西肯定也是跑在web容器里的，没有界面（或者只对内），依然对外提供服务。
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完全没有问题，即使是是一个web工程你将他打成war包，放在容器中，既可以作为接口服务器，也可以作为C/S的S端
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楼主提出的问题，感觉涉及到架构方面的内容了，不是一个刚刚接触编程1～2年的人应该考虑的。
原有的程序是基于TCP协议进行通信的，无论用Java还是C++来实现，都是可以的。
一般来讲，服务器和服务器之间的通信，数据量较大，都采用长连接，批量传输的形式。
个人PC（或者智能手机）与服务器的通信，一般由于数据量小，收发频率不高，而采用短连接或者UDP协议来做。
注意，我说的是服务器而不是通信的服务端，这个是有区别的。
楼主要开发的程序要面向最终的用户，那么，选用Web网站的形式是可行的。用户只要通过浏览器访问站点即可。
如果楼主的项目是要给每个用户的PC端上都装一个Tomcat，每个用户访问自己本机的Tomcat项目，这种架构我是不赞同使用的。
我这里可以提供两种方案：
一。开发一个网站，用户通过浏览器进行上网，访问统一的站点。
二。开发一个客户端程序，直接和服务通信，客户端程序负责数据的展现和用户的交互。