注意： 这是一系列“ how-to”博客文章中的第三篇 ，以帮助BioFVM和 PhysiCell的新用户和开发人员 。本指南适用于OSX用户。Windows用户应 改用本指南 。即将发布Linux指南。
这些说明应使您在使用gcc的OpenMP（例如 BioFVM 和 PhysiCell）编译64位C ++项目的最小环境下运行并运行 。这些说明已在OSX 10.11（El Capitan）上进行了测试，但它们应可在任何合理的OSX最新版本上使用。
最终，您将拥有编译器和关键Makefile功能。整个工具链都是免费和开源的。
当然，您可以使用其他编译器和更复杂的集成桌面环境，但是这些说明将为您提供支持64位二进制文??件和OpenMP并行化的良好基准系统。
注意1： OSX / Xcode 似乎 开箱即用了 gcc（您可以在终端窗口中键入“ gcc”），但这实际上 只是映射回Apple的clang版本。las，这将不支持OpenMP进行并行化。
注意2： 昨天在这篇文章中，我们展示了如何使用流行的 MacPorts软件包管理器设置gcc。由于MacPorts从源代码构建gcc（及其所有依赖项！），因此需要非常，非常长的时间。在我的2012 Macbook Air上，此步骤花费了 16个小时。本教程使用Homebrew大大加快了过程！
注意3：这是对先前版本的更新。它包含了新的信息，即无需完全下载/安装Xcode即可安装Xcode命令行工具。非常感谢Homebrew项目的Walter de Back和Tim 的帮助！
您需要什么：
- XCode命令行工具： Homebrew和相关的程序包管理器需要这些命令行工具。现在，安装说明非常简单，并包含在下面。从2016年1月18日开始，它将安装2343版。
- Homebrew：这是OSX的软件包管理器，它使您可以轻松下载并安装许多linux实用程序，而无需从源代码构建它们。您特别需要它来获取gcc。安装是一个简单的命令行脚本，如下所述。从2016年1月17日开始，它将下载0.9.5版。
- gcc5 （来自Homebrew）： 这是gcc的最新64位版本，支持OpenMP。从2016年1月17日开始，它将下载版本5.2.0。
主要步骤：
1）安装XCode命令行工具
$ xcode-select --install
应该弹出一个窗口，询问您获取Xcode还是进行安装。选择“安装”选项可避免下载超过4 GB的Xcode。只需几分钟即可完成。
2）安装自制软件
$ ruby?? -e“ $（curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install） ”
让脚本运行，并在询问时回答“ y”。这不会花很长时间。
3）获取，安装和准备gcc
$ brew search gcc5
您应该会看到软件包列表，包括gcc5。记下发现的内容。（以我为例，它找到了homebrew / versions / gcc5，
然后下载并安装了gcc5：> brew install homebrew / versions / gcc5 这将下载所需的任何依赖项，通常已经进行了预编译。整个过程只需要五到十个即可。分钟， 最后，您需要获得编译器的确切名称，在终端窗口中，键入 g ++，然后两次按tab键以查看列表:
Pauls-MBA:~ pmacklin$ g++
g++ g++-5 g++-mp-5
查找名称不带“ mp”的g ++版本。就我而言，它是g ++-5。通过检查其版本，仔细检查您是否拥有正确的版本。它看起来应该像这样：
Pauls-MBA:~ pmacklin$ g++-5 --version
g++-5 (Homebrew gcc5 5.2.0) 5.2.0
Copyright (C) 2015 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions. There is NO warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
请注意，信息中将显示Homebrew。正确的编译器是g ++-5。
5）测试编译器
编写一个基本的并行程序：
$ mkdir omp_test
$ cd omp_test
$ nano omp_test.cpp
然后，编写您的基本OpenMP测试：
#include <iostream>
#include <cmath>
#include <vector>
#include <omp.h>int main( int argc, char* argv[] )
{omp_set_num_threads( 8 ); double pi = acos( -1.0 ); std::cout << "Allocating memory ..." << std::endl; std::vector<double> my_vector( 128000000, 0.0 ); std::cout << "Done!" << std::endl << std::endl; std::cout << "Entering main loop ... " << std::endl; #pragma omp parallel forfor( int i=0; i < my_vector.size(); i++ ){my_vector[i] = exp( -sin( i*i + pi*log(i+1) ) ); } std::cout << "Done!" << std::endl; return 0;
}
编写一个makefile：
$ nano Makefile
添加以下内容：
CC := g++-5
# replace this with your correct compiler as identified aboveARCH := core2 # Replace this with your CPU architecture.
# core2 is pretty safe for most modern machines. CFLAGS := -march=$(ARCH) -O3 -fopenmp -m64 -std=c++11COMPILE_COMMAND := $(CC) $(CFLAGS)OUTPUT := my_testall: omp_test.cpp$(COMPILE_COMMAND) -o $(OUTPUT) omp_test.cppclean:rm -f *.o $(OUTPUT).*
编译并运行测试：
$ make
$ ./my_test
输出应如下所示：
Allocating memory ...
Done!Entering main loop ...
Done!
注意1： 如果make命令给出诸如“ ****缺少分隔符”之类的错误，则需要在“ $（COMPILE_COMMAND）”和“ rm-带单个制表符的f“行。
注意2： 如果编译器给出类似“致命错误：'omg.h'的错误”之类的错误，则您可能使用了Apple的clang版本，其中不包含OpenMP支持。您需要确保在makefile的CC行上指定编译器。
现在，让我们验证代码是否正在使用OpenMP。
打开另一个终端窗口。代码运行时，运行top。看一下性能，特别是CPU使用率。在程序运行时，您应该看到CPU使用率非常接近“ 100％用户”。（这很好地表明您的代码正在按预期运行OpenMP并行化。）
下一步是什么？
下载BioFVM的副本，然后尝试包含的示例！
- BioFVM announcement on Blogspot: [click here]
- BioFVM on MathCancer.org: http://BioFVM.MathCancer.org
- BioFVM on SourceForge: http://BioFVM.sf.net
- BioFVM Method Paper in BioInformatics: http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btv730