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Ubuntu 18.04.4 LTS 成功安装FSL+PANDA

热度:7   发布时间:2024-01-29 18:11:15.0

装fsl的过程走了太多太多的弯路!花了差不多三天时间,所以作为小白也想分享一下经验。

背景,我想使用PANDA软件(这个matlab工具包基于fsl),但是发现所有操作都是报错,以为是fsl没有安装好,所以就开启了重装fsl的一系列操作。

如果你只是想使用fsl的话就可以不用看了。

PANDA的安装包:https://www.nitrc.org/projects/panda/

但是你想使用PANDA软件的话,不要走官网通常的渠道,还有debian版本也是不行的,要独立下载一个安装包。我前边就是费了九牛二虎之力安装了fsl(遇到比如密钥的问题,无法获取安装包等等问题),然后安装成功了之后发现还是不能正常使用PANDA。这时我才想起PANDA的手册。。。我顿时觉得我的弯路白走了。。。

PANDA手册介绍的步骤非常简单易明,再简化说一下:

1.下载一个独立的安装包,必须是LInux OS (centos) 版本的,Ubuntu/Debian 版本都不支持!

我是百度了一个资源,https://pan.baidu.com/s/1minhAZ2

fsl官网也提供了旧版本的下载连接,但我觉得下载速度太慢了https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads/oldversions/

2.打开终端,输入su切换到root权限用户,然后在你喜欢的系统位置创建一个文件夹,示例:

mkdir /opt/software

3. 把你的安装包拷贝到你新建的这个文件夹下,示例:

cp /home/download/fsl-5.0.0-centos5_64.tar.gz /opt/software

5.进入到/opt/software文件夹对安装包进行解压。

tar zxvf fsl-5.0.0-centos5_64.tar.gz

6.设置环境变量,这里被手册坑了一把,环境变量设置得不对,害得我重启后根本输入密码也进不了系统(如果遇到同样的问题可以参考:https://blog.csdn.net/dearwind153/article/details/44138957)。

手册里写的是把以下这段复制在终端里输入

echo "FSLDIR=/opt/software/fsl" >> /etc/profile
echo ". \${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh" >> /etc/profile
echo "PATH=\${FSLDIR}/bin:\${PATH}" >> /etc/profile
echo "export FSLDIR PATH" >> /etc/profile

我自己试误后,发现不能改动/etc/profile这个文件,应该改/etc/bash.bashrc 这个文件,这个是从之前看的装fsl的教程得到的灵感https://blog.csdn.net/qq_32696375/article/details/84001746

只要在/etc/bash.bashrc文件结尾加上

FSLDIR=/opt/software/fsl
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
PATH=${FSLDIR}/bin:${PATH}
export FSLDIR PATH

然后就大功告成,应该也不需要重启,再打开matalb - PANDA之后,就能正常操作了。

如果遇到安装的问题,也欢迎跟我一起交流,没准我也遇到过呢。。

 

 

补充:

1. 我写这个帖子的时候还看到一个帖子也是介绍安装PANDA的经验的,但我之前没搜到。看到最后一段,意思是已经装了fsl但是PANDA报错啥的,把PANDA.m的代码改一下,改成你的fsl安装的路径就可以成功使用。如果你是这种情况一定要去试试,我可能以后才有机会去验证好不好使了。

https://zhuanlan.zhihu.com/p/56625697?from_voters_page=true

2. 关于安装的途径,同样是Ubuntu 18.04 LTS,人家能使用官网常规方式下载,就是安装python2 ,下载fsl的安装脚本后,用以下命令直接安装,但我就会下载失败。

sudo python2 fslinstaller.py

也许是下载源没有改成国内的原因,因为我是新装的linux,原来的下载源都是ubuntu网站的,也许换成什么阿里的,163的清华的源就可以了(猜测,遇到同样问题的可以试试看)。

3. 然后我在官网上看到Selecting some Debian/Ubuntu versions on that page will take you to the Neurodebian site instead

这样一句话,我就去下载Neurodebian版本的了,虽然也只是几个步骤,但因为下载源,也就是联网的原因,我一直卡在密钥和更新那两步骤,很崩溃,一开始还琢磨怎么翻墙,后来换了源就迎刃而解了。

参考  https://blog.csdn.net/u011850815/article/details/43668263

4. 无法获取密钥的问题,如果确定联网没问题且已经换回国内的资源,可以参考

https://blog.csdn.net/tankweight/article/details/82948864?utm_source=blogxgwz0